Pietro Tomacelli, az ifjú nápolyi arisztokrata IX. Bonifác néven lépett a katolikus egyház trónjára, miután a (1350 körül Nápolyban született) konklávéra összegyűlt tizennégy bíboros 1389. november 2-án megválasztotta a 203. római pápának. Beiktatására igen gyorsan, november 9-én sor került.
Pontifikátusának hosszú, közel tizenöt éve során mindvégig fennállt az elődje, VI. Orbán pápa alatt végbement nyugati egyházszakadás.
A Rómában székelő egyházfő a korábbi belső harcok eredményeként igen fiatalon került a pápai trónra (kb. 39 évesen, de a születési évszám vitatott). A krónikák feljegyzései alapján Bonifác inkább világi uralkodóként igyekezett érdekeinek védelmében fellépni az avignoni ellenpápákkal (VII. Kelemen, XIII. Benedek) szemben.
Bonifác nevéhez köthető a nyugati egyházszakadás megerősödése – ő is kiközösítette VII. Kelement, deklarálta, hogy ő az igazi pápa, és hallani sem akart az egyetemes zsinat összehívásáról.
Ebben a korban adósodott el a pápai kúria, melynek hatására az egyházi javadalmakból és a búcsúkból üzletet csinált. Ő volt az első egyházfő, aki bevezette az annates perpetuae-t, azaz a hivatali tisztségek árusítását. Ennek lényege abban állt, hogy a pápai kincstárat illető bevételek beszedését bérbe adta a pápai kúria. Egy bizonyos összeg befizetése után a jelentkező bankárok, uzsorások saját belátásuk szerint hajthatták be a pápai jövedelmeket. Ezzel széles körben fokozta népszerűtlenségét.
Végül mégis tárgyalt Rómában az egyházszakadásról XIII. Benedek ellenpápa követeivel 1404 őszén, akik a vita hevében simoniákusnak titulálták, s ez annyira felizgatta, hogy szélhűdés érte, és két nap múlva, október 1-én meghalt.
Magyar vonatkozású adalék, hogy 1395. október 6-án Luxemburgi Zsigmond kérésére ő adta ki az Óbudai Egyetem első alapítólevelét, amely által az intézmény az ország második, a főváros első egyeteme lett. A négy fakultásból álló Universitas Budensis alapító okirata sajnos nem maradt fenn.
A pápa és a magyar király közötti jó viszony 1403-ig tartott. Ekkor ugyanis IX. Bonifác a magyar főpapok és főnemesek egy része által támogatott, Zsigmond ellen felléptetett ellenkirályt, Nápolyi Lászlót pártolta, és helyzetének erősítésére legátust is küldött az országba. Miután Zsigmond felülkerekedett, lefoglaltatta a pártütő egyháznagyok birtokait, és több elmozdított főpap helyett világi kormányzókra bízta az egyes egyházmegyéket. A király felmondta az engedelmességet IX. Bonifácnak, de nem ismerte el az időközben megválasztott XIII. Benedek ellenpápát sem.